Школа по высокопроизводительным методам анализа генома растений
С 12 января по 20 апреля 2023 года в Ботаническом институте им. В.Л. Комарова Российской академии наук (БИН РАН) в Санкт-Петербурге проходила научно-практическая Школа по высокопроизводительным методам анализа генома. В течение четырех месяцев сорок ученых и специалистов из нескольких институтов и университетов осваивали биоинформатические методы, применяющиеся в биологии растений, чтобы использовать их в своих исследованиях.
Организаторами Школы выступили Сколковский институт науки и технологий (Сколтех) и Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук (ИППИ РАН) в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий. Программа курса разработана старшим преподавателем Центра молекулярной и клеточной биологии Сколтеха Марией Логачевой совместно с коллегами из лаборатории геномики растений ИППИ РАН во главе с ведущим научным сотрудником Алексеем Пениным. Вместе с ними основными преподавателями курса стали сотрудники ИППИ РАН Анна Клепикова и Денис Омельченко, также в проведении принимали участие Михаил Щелкунов, Тагир Самигуллин и Лаврентий Данилов. Слушатели — аспиранты, кандидаты и доктора наук из БИН РАН, Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова (ВИР), Санкт-Петербургского государственного химико-фармацевтического университета, Санкт-Петербургского государственного университета и даже Гродненского государственного аграрного университета (Беларусь).
Занятия проходили в историческом здании Гербария высших растений БИН РАН. Каждый четверг с января по март, преподаватели — сотрудники ИППИ РАН и Сколтеха — приезжали из Москвы и вели занятия с 11 до 19 часов. Программа получилась очень интенсивной. За время обучения участниками был освоен процесс обработки данных высокопроизводительного секвенирования (NGS) с момента планирования и подготовки эксперимента до непосредственно анализа данных. Преподаватели показывали, как можно собирать геномы и транскриптомы, изучать родство организмов (филогению), анализировать профили экспрессии генов, искать в геноме гены, связанные с возникновением того или иного фенотипа и многое другое. В разделе, посвященном статистике, слушатели учились использовать различные методы статистического анализа и визуализировать результаты, создавая иллюстрации для статей с использованием языка R.
«Идея Школы возникла в ходе нашего неформального общения с Алексеем Пениным и Марией Логачевой на конференции в прошлом году», — рассказал Дмитрий Гельтман, директор БИН РАН. Говоря о перспективах продолжения сотрудничества, Дмитрий Викторович поделился, что в настоящий момент они с Марией проводят совместную работу по изучению генетического разнообразия борщевика Сосновского и близких видов гигантских борщевиков. «Специалисты нашего института всегда готовы помочь таксономической экспертизой, потому что сколько ни секвенируй геном, а растение надо «знать в лицо». В свою очередь, компетенции ИППИ и Сколтеха — это передовые методы, которые ботаники могут использовать в своей работе».
Слушатели Школы мотивировали участие тем, что подобное обучение позволяет взглянуть на предмет исследования с позиции другой дисциплины, расширяет доступный исследователям инструментарий, помогает наладить связи с коллегами и даже углубить понимание научной литературы.
Прошедшая в Санкт-Петербурге школа стала частью образовательной программы, которая сейчас активно развивается силами неформальной коллаборации ИППИ и Сколтеха. Следующая школа по высокопроизводительным методам анализа генома растений стартует осенью 2023 года в Москве.