Новый вид Physarum (Myxomycetes) c острова Рождества (Австралия)

С. Л. Стефенсон, Ю. К. Новожилов, И. С. Приходько

DOI: https://doi.org/10.31111/nsnr/2020.54.2.397

Полный текст статьи

Резюме

Новый вид Physarum (Myxomycetes), описанный как P. australiense, был обнаружен первым автором в культуре во влажной камере в образце, собранном на наземном листовом опаде во время полевых исследований миксомицетов острова Рождества, в Индийском океане. Морфология референсных образцов была исследована с помощью световой и сканирующей электронной микроскопии, представлены микрофотографии соответствующих морфологических структур спорокарпов и спор. Вид характеризуется выраженными уникальными морфологическими признаками спорокарпов, в том числе коричнево-красными наростами или крупными чешуйками на поверхности перидиума, черной необызвествленной ножкой, крупной булавовидной колонкой, достигающей центра споротеки, и крупными многоугольными или столбиковидными обызвествленными белыми узелками капиллиция. Комбинация этих характеристик делает P. australiense хорошо выраженным морфологическим видом, который отличается от всех известных видов миксомицетов рода Physarum. В дополнение к морфологическому описанию были получены и депонированы в базу NCBI GenBank частичные последовательности трех генетических маркеров (SSU, EF1α, COI). Филогения, основанная на гене малой рибосомальной субъединицы (SSU), указывает на родство нового вида с P. bogoriense и P. hongkongense.

Ключевые слова: Amoebozoa, Myxogastria, грибообразные протисты, молекулярная филогения, слизевики, таксономия, Австралия

Рубрика: Грибы

Цитирование статьи

Стефенсон С. Л., Новожилов Ю. К., Приходько И. С. 2020. Новый вид Physarum (Myxomycetes) c острова Рождества (Австралия). Новости систематики низших растений 54(2): 397–404. https://doi.org/10.31111/nsnr/2020.54.2.397

Литература

Anonymous. 2007. NBS/ISCC Color System. https://web.archive.org/web/20171219173446/http://tx4.us/nbs/nbs-i.htm (Date of access: 11 VII 2020).

Bortnikov F. M., Shchepin O. N., Gmoshinskiy V. I., Prikhodko I. S., Novozhilov Y. K. 2018. Diderma velutinum, a new species of Diderma (Myxomycetes) with large columella and triple peridium from Russia. Botanica Pacifica: a journal of plant science and conservation 7(2): 47–51. https://doi.org/10.17581/bp.2018.07207

Chung C.-H., Tzean S.-S. 1998. Observations on Physarum hongkongense (Phy sarales, Myxomycetes) from Taiwan. Fungal Science 13(3–4): 109–112. https://doi.org/10.7099/FS.199812.0109

Hoang D. T., Chernomor O., von Haeseler A., Minh B. Q., Vinh L. S. 2018. UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation. Molecular Biology and Evolution 35(2): 518–522. https://doi.org/10.1093/molbev/msx281

Feng Y., Schnittler M. 2015. Sex or no sex? Group I introns and independent marker genes reveal the existence of three sexual but reproductively isolated biospecies in Trichia varia (Myxomycetes). Organisms Diversity and Evolution 15: 631–650. https://doi.org/10.1007/s13127-015-0230-x

Fiore-Donno A.-M., Meyer M., Baldauf S. L., Pawlowski J. 2008. Evolution of dark-spored Myxomycetes (slime-molds): Molecules versus morphology. Molecular Phylogenetics and Evolution 46(3): 878–889. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.12.011

Fiore-Donno A. M., Novozhilov Y. K., Meyer M., Schnittler M. 2011. Genetic structure of two protist species (Myxogastria, Amoebozoa) suggests asexual reproduction in sexual amoebae. PLoS One 6(8): e22872. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022872

Fiore-Donno A. M., Kamono A., Meyer M., Schnittler M., Fukui M., Cavalier-Smith T. 2012. 18S rDNA phylogeny of Lamproderma and allied genera (Stemonitales, Myxomycetes, Amoebozoa). PLoS One 7(4): e35359. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035359

Huelsenbeck J. P., Ronquist F. 2001. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics 17(8): 754–755. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754

Kalyaanamoorthy S., Minh B. Q., Wong T. K. F., von Haeseler A., Jermiin L. S. 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods 14: 587–589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285

Katoh K., Standley D. M. 2013. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Molecular Biology and Evolution 30(4): 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010

Katoh K., Rozewicki J., Yamada K. D. 2019. MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization. Briefings in Bioinformatics 20(4): 1160–1166. https://doi.org/10.1093/bib/bbx108

Lado C. 2005–2020. An on line nomenclatural information system of Eumycetozoa. http://www.nomen.eumycetozoa.com (Date of access: 11 VII 2020).

Leontyev D. V., Schnittler M., Stephenson S. L., Novozhilov Y. K., Shchepin O. N. 2019. Towards a phylogenetic classification of the Myxomycetes. Phytotaxa 399(3): 209–238. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.399.3.5

Lister A., Lister G. 1905. Mycetozoa from New Zealand. The Journal of botany, British and Foreign 43: 111–114.

McHugh R., Stephenson S. L., Mitchell D. W., Brims M. H. 2003. New records of Australian Myxomycota. New Zealand Journal of Botany 41(3): 487–500. https://doi.org/10.1080/0028825X.2003.9512865

Martin G. W., Alexopoulos C. J. 1969. The Myxomycetes. Iowa City: 561 p.

Miller M. A., Pfeiffer W., Schwartz T. 2010. Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees. Gateway Computing Environments Workshop (GCE): 1–8. https://doi.org/10.1109/GCE.2010.5676129

Nguyen L.-T., Schmidt H. A., von Haeseler A., Minh B. Q. 2015. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Molecular Biology and Evolution 32(1): 268–274. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300

Novozhilov Y. K., Okun M. V., Erastova D. A., Shchepin O. N., Zemlyanskaya I. V., García-Carvajal E., Schnittler M. 2013. Description, culture and phylogenetic position of a new xerotolerant species of Physarum. Mycologia 105(6): 1535–1546. https://doi.org/10.3852/12-284

Novozhilov Y. K., Prikhodko I. S., Shchepin O. N. 2019. A new species of Diderma from Bidoup Nui Ba National Park (southern Vietnam). Protistology 13(3): 126–132. https://doi.org/10.21685/1680-0826-2019-13-3-2

Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. 2012. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics 28(8): 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091

Petch T. 1909. New Ceylon Fungi. Annals Royal Botanical Gardens, Peradeniya 4: 299–371.

Raciborski M. 1898. Über die Javanischen Schleimpilze. Hedwigia 37: 50–55.

Rambaut A., Drummond A. J., Xie D., Baele G., Suchard M. A. 2018. Posterior Summarization in Bayesian Phylogenetics Using Tracer 1.7. Systematic Biology 67(5): 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032

Schnittler M., Shchepin O. N., Dagamac N. H. A., Borg Dahl M., Novozhilov Y. K. 2017. Barcoding myxomycetes with molecular markers: challenges and opportunities. Nova Hedwigia 104(1–3): 323–341. https://doi.org/101127/nova_hedwigia/2017/0397

Shchepin O. N., Schnittler M., Dagamac N. H. A., Leontyev D. V., Novozhilov Y. K. 2019. Unexplored diversity of the tiniest myxomycetes: evidences from environmental DNA. Plant Ecology and Evolution 152(3): 499–506. https://doi.org/10.5091/plecevo.2019.1621

Stephenson S. L., Stempen H. 1994. Myxomycetes: a Handbook of Slime Molds. Portland, Oregon: 183 p.

Whitney K. D., Keller H. W. 1982. A new species of Badhamia, with notes on Physarum bogoriense. Mycologia 74(4): 619–624. https://doi.org/10.1080/00275514.1982.12021558

Winsett K. E., Stephenson S. L. 2008. Using ITS sequences to assess intraspecific genetic relationships among geographically separated collections of the myxomycete Didymium squamulosum. Revista Mexicana de Micología 27: 59–65.

Yamamoto Y. 2000. Notes on Japanese myxomycetes (IV). Bulletin of the National Science Museum Tokyo, Series B 26(3): 107–122.

Дополнительные материалы

Приложение 1. The list of sporocarp specimens used for DNA extraction and sequencing to obtain the gene tree.
NSNR_2020_54(2)_Stephenson_et_al_Supplement1

Приложение 2. SSU rDNA gene tree.
NSNR_2020_54(2)_Stephenson_et_al_Supplement2