Информационная система по нуклеотидным последовательностям слизевиков (Myxomycetes = Myxogastria)

Information system on the nucleotide sequences of slime-molds (Myxomycetes = Myxogastria)

Работа выполняется в рамках проекта РФФИ № 18-04-01232 А «ДНК-штрихкодирование миксомицетов (Myxomycetes = Myxogastria) и анализ их скрытого разнообразия на основе гербарных коллекций и метагеномных данных». Номер ЦИТиС АААА-А18-118061590119-6.

Техническая информация

Для хранения данных о нуклеотидных последовательностях миксомицетов и сопутствующей информации о гербарных образцах разработана база данных, в качестве СУБД использована Microsoft SQL Server 2012 SP4.

Для доступа к базе данных разработана панель администратора в виде веб-приложения, написанного на языке R (version 3.5.1) с использованием дополнительных пакетов из репозитория CRAN: shiny 1.2.0 (фреймфорк для создания веб-приложений на R), DBI 1.0.0, odbc и pool 0.1.4.1 (для взаимодействия с БД), writexl 1.1 и readxl 1.1.0 (для экспорта и импорта данных в формат xlsx), rhandsontable 0.3.7 (для непосредственного редактирования данных в табличном интерактивном режиме). В приложении предусмотрена возможность просмотра, редактирования, сортировки, фильтрации таблиц БД, а также пакетный экспорт и импорт данных из файлов формата xlsx, fasta, abif.

База данных состоит из 11 связанных таблиц. Таблица markers служит для хранения сведений о маркерных участках, primers — о праймерах, primers_pairs — об использованных парах праймеров и их характеристиках, sequences — о сиквенсах, chromatograms — о файлах с хроматограммами, media_files — о файлах с графическими материалами, localities — о точках сбора, taxonomy — о названиях таксонов, specimens — об образцах в коллекциях, colnos — об инвентарных номерах образцов, determinations — об истории определений образцов.