Родился в Москве. После окончания естественного отделения физико-математического факультета Московского университета С.С. был оставлен для подготовки к профессорскому званию при кафедре морфологии и систематики растений. В 1911 г. С.С. переезжает в Санкт-Петербург и начинает преподавательскую деятельность в университете и Лесном институте. Преподавательскую деятельность он не оставлял до последних дней жизни, читая курсы морфологии, систематики и специальный курс по сорной растительности в университете, Сельскохозяйственном институте, на Курсах прикладной зоологии и фитопатологии и др. С 1913 г. С.С. состоял ботаником в Ботаническом музее Академии наук.

В 1909 г. С.С. начал принимать участие в экспедициях Переселенческого управления:

1909 — Ангаро-Илимский край;

1914 — Акмолинский уезд Казахстана.

Работы в северном Казахстане отражены в «Ботанико-географическом очерке средней части Акмолинской области» (1917). В последующие годы С.С. усиленно изучал флору и растительность Ленинградской области по разработанному им плану. Особенно его интересовали реликтовые широколиственные леса Лужского района.

В 1930 г. С.С. принимал участие в Кольской экспедиции в качестве начальника ботанического отряда. 30 августа, заблудившись в горах в тумане, за которым последовал снежный буран, С.С. скончался от паралича сердца. В фотоархиве Ботанического Музея хранятся фотографии С.С. Ганешина, сделанные им во время экспедиций Переселенческого управления в Иркутскую губернию.