Карпологическая коллекция насчитывает более 36 000 образцов плодов и семян, относящихся к 23 000 видов. В коллекцию входит также богатое собрание шишек хвойных и саговников (1300 образцов). Отдельно от основного фонда храниться коллекция Ф. И. Рупрехта, насчитывающая 2500 образцов, а также более 300 образцов, собранных сотрудниками карпологической группы Ботанического музея на Дальнем Востоке.

В Карпологической коллекции с большой полнотой представлено разнообразие морфологического строения и способов диссеминации плодов и семян. Наряду с гигантскими плодами (такими как боб южноамериканской лианы энтады, достигающий 1,5 м в длину, и орех сейшельской пальмы весом до 16 кг), в коллекции имеются и совсем мелкие пылевидные семена орхидных.

Куратор коллекции – Кравцова Татьяна Ивановна

История коллекции. Самые старые образцы Карпологической коллекции – это бобы Amorpha fruticosa (семейство Бобовые), привезённые П.К. Козловым в 1821 году из Северной Америки, и жёлуди Pasania schlechteri (семейство Буковые), доставленные Шлехтером из тропиков Старого света. Коллекция была значительно пополнена во второй половине XIX – начале XX века материалами ряда крупных экспедиций. Образцы для неё поступали от таких выдающихся ученых, как К.И. Максимович, собравший в 1861-1864 годах плоды и семена около 500 видов флоры Японии, и В.И. Липский, который за период с 1889 по 1910 год из поездок по Цейлону, Индии и Туркестану привёз 173 образца. В коллекции хранится и 151 образец, доставленный в 1926 и 1927 годах В.В. Марковичем из Индии, Палестины и с о-ва Явы. 137 образцов плодов и семян были привезены А. Регелем из Туркестана, более 100 образцов – экспедицией Б.А. Федченко с Алтая. Среди коллекторов встречаются и такие имена, как Н.М. Пржевальский (1870-80 гг.), В.А. Шренк (1850 г.), С.И. Коржинский (1897 г.), Н.Н. Монтеверде (1911-1926 гг.), Н.И. Вавилов (1926-1930 гг.). Во второй половине XX века в пополнении карпологической коллекции участвовали В.И. Полянский (1957 г.), Л.Е. Родин (1949, 1964 гг.), О.В. Заленский (1968 г.), Э.С. Терёхин (1970-85 гг.) и другие сотрудники Ботанического института.

Исследования. Богатство и представительность Карпологической коллекции позволяют на её базе проводить сравнительно-анатомические, морфологические, таксономические и филогенетические исследования различных групп высших растений. Материалы коллекции используют для своей работы сотрудники не только Ботанического института РАН, но и других научных учреждений нашей страны (Кафедра Высших растений Московского университета, Санкт-Петербургский университет, Ульяновский и Ярославский педагогические университеты).