Молекулярная систематика растений и грибов

Приборная база позволяет проводить широкий спектр молекулярно-филогенетических и молекулярно-систематических исследований растений и грибов.

Куратор:

доктор биол. наук Юрий Капитонович Новожилов

Сотрудники:

Елена Евгеньевна Крапивская

Адрес и координаты для связи:

197376, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д. 2.
Телефон: +7 (812) 372-54-33

Электронная почта: EKrapivskaya@binran.ru

Основные услуги:

определение нуклеотидной последовательности ПЦР-продуктов и плазмидных ДНК на автоматическом секвенаторе ABI 3500 (Thermo Fisher Scientific, США);
выделение и очистка ДНК из растительного и грибного материала заказчика;
подбор праймеров ПЦР-анализ ядерных и неядерных генов;
молекулярно-филогенетический анализ данных.

Генетический анализатор (секвенатор) ABI PRISM 3500

Секвенатор ABI PRISM 3500 приобретен в 2019 году в рамках выполнения федерального проекта "Развитие передовой инфраструктуры для проведения исследований и разработок в Российской Федерации" национального проекта "Наука" (соглашение с Министерством науки и высшего образования № 075-15-2019-1558).

Секвенатор ABI PRISM 3500 представляет золотой стандарт в капиллярном электрофорезе. Модель имеет 8 капилляров и предлагает полную автоматизацию исследований. Подходит для проведения секвенирования de novo и ресеквенирования. Определение нуклеотидной последовательности основано на методе Сэнгера. В анализе используются наборы флуоресцентных красителей BigDye, что обеспечивает высокую точность получаемых результатов.

Основные технические характеристики

Длина прочтения: не менее 700 нуклеотидов, средняя длина прочтения — 850 нуклеотидов
Число капилляров: 8
Тип капилляров: 50 см
Тип полимера: POP-4™, POP-6™, POP-7™
Количество одновременно детектируемых флюоресцентных меток (длина волны испускания): 5 (525–650 нм)
Производительность : 1272 форезов за сутки

Требования к образцам

Для секвенирования принимаются образцы ДНК в виде плазмид или очищенных ПЦР-фрагментов. В случае ПЦР-фрагмента не должно быть видимой при электрофорезе в агарозном геле примеси нецелевых фрагментов, праймеров и геномной ДНК.

Обязательным условием является определение концентрации ДНК с помощью спектрофотометра, флюориметра или электрофореза в агарозном геле.

Количество ДНК, необходимое на 1 реакцию при разной длине (п. н.) фрагмента:

100–200 п. н. — 1–5 нг
200–500 п. н. — 5–10 нг
500–1000 п. н. — 10–20 нг
1000–2000 п. н. — 10–40 нг
Плазмидная ДНК — не менее 200 нг

Количество праймера на 1 реакцию в концентрации 3.2 пкмоль/мкл — 2 мкл.

Стоимость 1 реакции (прочтение с одного праймера) — 550 руб.

Бланк заявки на секвенирования образцов.

Результаты секвенирования в виде стандартных файлов формата *.ab1 высылаются на указанный в заявке адрес электронной почты.