Перечень имеющихся методик и методов выполнения исследований в ЦКП БИН РАН

Методы флуоресцентной и конфокальной микроскопии

  • Приготовления срезов фиксированного биологического материала в различных заключающих средах (парафины, полиэтиленгиликоли, эпоксидные смолы).
  • Приготовление срезов биологических образцов без предварительной фиксации/замораживания с помощью автоматического микротома с вибрирующим лезвием.
  • Локализация белков (продуктов экспрессии генов интереса) на срезах биологического материала путем иммуноцитохимии.
  • Изучение методами световой микроскопии: дифференциальный интерференционного контраст (неокрашенные прозрачные объекты), проведение микроскопии в светлом поле (микроскопия окрашенных препаратов), в фазовом контрасте (микроскопия неокрашенных препаратов), а также интерференционной микроскопии (измерения количества сухого вещества, показателей преломления и толщины объектов).
  • Лазерная сканирующая конфокальная микроскопия на базе LSM (780 Carl Zeiss, Германия). Получение оптических срезов микроскопических объектов, их 3D-реконструкция (ZENpro, AxioVision Inside4D, Carl Zeiss, Германия), интерактивные и автоматизированные измерения 3D объектов.
  • Флуоресцентная микроскопия: широкопольная флуоресцентная микроскопия, программная деконволюция, структурированное освещение (блок ApoTome – аппаратное контрастирование и деконволюция), многоцветная многоканальная флуоресценция с использованием широкополосных и комбинации узкополосных фильтров.
  • Полнофункциональный анализ микроскопического изображения: морфологический анализ, количественные методы, эксперименты во времени, статистическая обработка, FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) и др. (с применением полного пакета программных модулей ZEN, Carl Zeiss, Германия).
  • Использование аттестованных количественных методов фирмы Carl Zeiss, (Германия) для количественного анализа флуоресцентных сигналов при использовании методов FISH, CGH, MFISH и др. на препаратах биологических объектов, а также для интерактивного кариотипирования.
  • Наблюдение и документация морфологических структур с применением стереомикроскопов (SteREO Discovery.V20, Stemi-2000CS, Carl Zeiss, Германия) и широкого спектра источников освещения (проходящего и падающего света), использование программных модулей расширенного фокуса и HDR съемки.
  • Наблюдение и документация морфологических структур с применением флуоресцентного стереомикроскопа (SteREO Lumar.V12), многоцветная флуоресценция с использованием узкополосных фильтров.
  • Компьютерная обработка и анализ изображений, подготовка материалов к публикации.
  • Методы электронной микроскопии

  • Подготовка материала к исследованию с использованием просвечивающей электронной микроскопии высокого разрешения. Приготовления полутонких, тонких и ультратонких срезов фиксированного биологического материала. Окраска и контрастирование срезов.
  • Метод исследования ультраструктуры растительных и грибных объектов с использованием просвечивающей электронной микроскопии высокого разрешения.
  • Иммунолокализация белков на ультратонких срезах методами иммуноголд.
  • Определение локализации экспрессии генов интереса путем гибридизации РНК-РНК in situ с использованием зондов на ультратонких срезах.
  • Исследования морфологии поверхности биологических объектов с использованием сканирующей электронной микроскопии.
  • Исследование элементного состава образцов с использованием сканирующей электронной микроскопии.
  • Молекулярно-генетические методы

  • Определение локализации экспрессии генов интереса путем гибридизации РНК-РНК in situ с использованием зондов. Создания РНК зондов путем in vitro транскрипции.
  • Выделение мРНК из растительных и грибных объектов, методы обратной транскрипции, амплификация кДНК с помощью ПЦР.
  • Измерение концентраций нуклеиновых кислот и белков в растворах методом спектрофотометрии.
  • Клонирование ПЦР-продуктов и фрагментов ДНК, выделенных рестрикцией.
  • Трансформации лабораторных штаммов E.coli, Agrobacterium tumefaciens, Agrobacteirum rhizogenes.
  • Выделение и очистка плазмидной ДНК для секвенирования.
  • Электрофоретическое разделение двухцепочечных фрагментов ДНК и одночепочечных фрагментов РНК в агарозных гелях, детекция и компьютерный анализ гелей.
  • Методы молекулярной систематики

  • Молекулярно-генетический анализ различных систематических групп растений: выделение ДНК, амплификация фрагментов генов, их секвенирование, молекулярно-филогенетический анализ изучаемых групп (математическая обработка секвенированных последовательностей с использованием пакета анализа MEGA (Center for Evolutionary Functional Genomics, Arizona State University, США), аналитического программного обеспечения Sanger Institute и др.